استفاده از کلر ارزان ترین روش گندزدایی فاضلاب است. کاربرد کلر گازی ارزان تر و موثرتر از هیپوکلریت کلسیم یا سدیم است. ولی کاربرد کلر گازی امکان آلودگی محیط زیست به ویژه مسمومیت کارگران تصفیه خانه را به همراه تصفیه خانه های بزرگ عموما از کلر مایع و در تصفیه خانه های کوچک معمولا از ترکیبات کلرداراستفاده می کنند. برای انتقال کلر از لوله های چدنی ریز دانه و یا لوله های پلاستیکی PVC می توان استفاده />
گندزدایی با کلر در موارد زیر انجام می شود:
گندزدایی فاضلاب خروجی
کاهش مقدار BOD
جلوگیری از بو
جلوگیری از خورده شدن بتن و ادوات مکانیکی توسط مواد اسیدی تولید شده در جریان تصفیه
جلوگیری از رشد و نمو مگس و حشرات در صافی های چکنده
شکستن کف آب تولیدی در حوض های ایمهاف تانک
اکسایش یون های فلزی و سیانیدها