موسسه و شرکت دانش بنیان، هم می تواند خصوصی وهم تعاونی باشد که برای افزایش علم و ثروت و گسترش اقتصادی که بر محور دانش استوار است و همچنین برای رسیدن به هدفهای علمی و اقتصادی که توسعه و کاربرد اختراع  را شامل میشود هستند. تجاری نمودن نتیجه های تحقیقات که شامل طراحی کردن و تولید کالا و خدمات در بخش فناوری های برتر که ارزش افزوده زیادی دارند و علی الخصوص تولید نرم افزارهای مربوطه می شرکت ها  به دنبال اهداف گوناگونی مثل  تجاری کردن یافته های علمی ، ایجاد زمینه برای بکارگیری بنیه علمی دانشگاه ها و واحدهای پژوهشی و اعضای هیئت علمی دانشگاه ها در سطح جامعه ، تحول در دستاوردهای  اجتماعی با حضور شخصیت های علمی در این زمینه و همچنین ترغیب جامعه دانشگاهی و شخصیت های علمی برای شرکت در فعالیت در جهت رفع نیاز جامعه و افزایش درآمد برای شخصیت های علمی و اعضای محترم هیات علمی دانشگاه ها، شرکت دانش بنیان
 شرکت های دانش بنیان خود به دودسته تقسیم می هایی که صاحبان آنها عضو هیئت علمی دانشگاه ها هستند:
زمانیکه  سهام دانشگاه از پنجاه درصد کمتر باشد،  شرکت دانش بنیان شرکتی خصوصی تلقی می شود  که باید از قانون تجارت تبعیت کند  و در اداره ثبت شرکت ها ثبت هایی که صاحبان آنها دانشگاهها نیز می توانند باشند:
هنگامی که سهام دانشگاه  پنجاه درصد یا بیشتر از آن  باشد ، شرکت دانش بنیان شرکتی دولتی محسوب می فعالیت شرکت های دانش بنیان
انجام پژوهش های کاربردی و توسعه ای
وارد کردن کالاها به بازار بین الملل و شناساندن آنها به تمام دنیا
انجام خدمات توسعه فناوری
 تولید کردن محصولات با فناوری جدید
ارائه خدمات تخصصی و مشاوره ای
 
شرایط ثبت شرکت دانش بنیان
اداره مالکیت دستورالعملی دارد که مطابق حداقل دو سوم از کسانی که اعضای هیئت مدیره شرکت هستند حداقل باید دو شرط ذیل را احراز مدرک کارشناسی داشته 3 سال در حوزه فعالیت شرکت کار کرده باشد یا قبلا مدیریت کرده یک اختراع که در داخل ثبت و ارزیابی شده باشد یا حداقل یک اختراع بین المللی که با حوزه مربوط به شرکت ارتباط داشته باشد داشته حداقل نصف از درآمد شرکت در یکسال فعالیت شرکت بخاطر فروش فناوری کالا و یا خدمات دانش بنیان از طریق قرارداد باشد به استثنای  شرکتهایی که در تولید پایلوت موفق باشند و استانداردهای مورد نیاز را از مراجع داخلی یا خارجی که صلاحیت داشته باشند گرفته باشند و بازار مورد اعتماد و یا گزارش نیازی که معتبر باشد به همراه قرارداد تولید کالا داشته سه  نفر از کارمندان تمام وقت شرکت باید حداقل شش ماه سابقه بیمه پرداختی داشته باشند. شرکت هایی که در عمل به تعهدات خود سوء پیشینه دارند شامل استفاده از تسهیلات شرکت های دانش بنیان نمی اختصاصی شرکت های دانش بنیان نوپا
از تاریخ ثبت شرکتشان حداقل یک سال باید دو سوم  اعضای هیئت مدیره شرکت ها دارای دو شرط از سه شرطی که در قسمت بالا به آن اشاره شد دو نفر نیروی تمام وقت داشته که کالاهای دانش بنیان تولید می کنند، تولیدشان طبق فهرستی که توسط کارگروه ارزش یابی و تشخیص صلاحیت شرکت های دانش بنیان تصویب شده تحقیق و توسعه فعال باشند و شرکت هایی که 5 سال از ثبت آنها می گذرد به محصول آزمایشگاهی و پایلوت نیاز دارند و اگر از 5 سال بیشتر باشد باید محصولشان به تولید برسد و برای ثبت محصول به اظهار نامه مالیاتی نیاز است و بیشتر از پنجاه درصد درآمدشان را تولید کالای دانش بنیان در برگیرد و مدارک فروش محصولشان را نشان داده و سه نفر کارمند بیمه شده داشته مورد نیاز برای تاسیس شرکت دانش بنیان 
رزومه یا کاتالوگ شرکت
آخرین اظهارنامه مالیاتی که به سازمان امور مالیاتی کشور فرستاده شده اساسنامه شرکت
کپی آگهی روزنامه رسمی شرکت
کپی اظهارنامه شرکت دانش بنیان
کپی شناسنامه و کارت ملی کسانی که عضو هیات مدیره هستند
کپی مدارک تحصیلی اعضا و موسسین
 لیست  آخر بیمه شرکت و خلاصه ای از وضع حقوق کارمندان
مجوزهای شرکت مانند مجوز تاسیس یا پروانه بهره برداری
 
مراحل ثبت شرکت دانش بنیان
شرکت یا موسسه حقوقی یا تعاونی خود را ثبت کنید
 به سامانه مراجعه کنید
 شرکت دانش بنیان خود را به صندوق نوآوری و شکوفایی معرفی نمایید
 از طریق سایت صندوق نوآوری و شکوفایی، اقدام به تکمیل پرسشنامه نمایید
 
1. ثبت شرکت با موسسه حقوقی یا تعاونی
برای این کار متقاضیان باید اول به صورت حقوقی شرکت یا موسسه ای را در اداره ثبت شرکت ها  ثبت کنند و بعد از گرفتن شناسه ملی شرکت  را در سامانه شرکت های دانش بنیان جهت ارزیابی اقدام ثبت نام نمایند. لازم به ذکر است متقاضیان می توانند با مراجعه به سامانه شناسه ملی افراد حقوقی کشور به نشانی و با جستجوی نام شرکت یا موسسه ، شناسه ملی افراد حقوقی را گرفته و در سامانه درج کنند.
 
2. مراجعه به سامانه از مراجعه به سامانه دانش بنیان، اطلاعات را تکمیل و مدارک خواسته شده را بارگذاری کنند. 
 
3. شناساندن شرکت دانش بنیان به صندوق نوآوری و شکوفایی
پس از ثبت درخواست در سامانه ، اطلاعات وارد شده توسط دبیرخانه کارگروه به کارگزاران مربوطه فرستاده می شود تا مورد ارزیابی قرار گیرند بر این ، شرکت های تقاضاکننده می بایست علاوه بر اخذ شرایط مذکور در شاخص های عمومی (داشتن درآمد حداقل از فروش نوآوری و کالا یا خدمات دانش بنیان ، نیروی انسانی شان و سابقه بیمه کارمندان) ، کلیه شرایط مشخص شده در شاخص های اختصاصی آیین نامه تشخیص شرکت ها و موسسات دانش بنیان، را نیز احراز از بررسی، در صورت تایید شدن ، شرکت دانش بنیان به صندوق نوآوری و شکوفایی معرفی می شود تا طرح خود را به آن صندوق نشان دهد و طبق اساسنامه از تسهیلات مربوطه استفاده کند. بعضی از تسهیلات ، دادن  وام و تسهیلات قرض الحسنه و وام  با بهره کم به متقاضیان چون حمایت از شرکت های دانش بنیان امری مهم بوده ، معاونت علمی و فناوری تمام هزینه های ارزش یابی شرکت های دانش بنیان را بر عهده گرفته است و شرکت های تقاضا کننده هزینه ای برای ارزیابی به کارگزاران ارزیابی نمی پردازند.
 
4. پر کردن فرم  پرسشنامه ای که در سایت صندوق نوآوری و شکوفایی موجود از گرفتن  نامه از صندوق ، باید از سایت صندوق نوآوری و شکوفایی، پرسشنامه ها را در بخش خدمات صندوق به شرکت های دانش بنیان تکمیل ثبت شرکت دانش بنیان می توانید به سایت مراجعه